Năm 2003: Huân chương Lao động hạng Nhì

Năm 2005: Giải thưởng Hồ Chí Minh về Khoa học Công nghệ cho tập thể cán bộ Viện Địa lý về xây dựng tập Atlas Quốc gia

Năm 2007: Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ, Huân chương Lao động hạng Nhất

Năm 2012: Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ

Ngoài ra, Viện còn được trao nhiều thưởng khác như Giải VIFOTECH, Bằng Sáng tạo Khoa học và Công nghệ, các giải thưởng cá nhân cho nhiều nhà khoa học trong Viện...